> いまVP30+IFB-HDという構成で使っています。早くHDMI1.3対応してほしいですね。

1080/24p（72Hzに変換？）できたら理想ですね。

> EXT-HDを使用するのと、VP30をプロジェクターのそばに寄せてD/Aコンバーターとして使うのだとどっちがいいんでしょうか？

EXT-HDとIFB-HDはほぼ同じ回路ですので、IFB-HDを使うほうが良いと思います。
VP30をD/Aコンバーターとして使うというのはSDI入力のみで使うということですね？
画質ですが、D/Aコンバーターの性能だけでなくプレーヤーによる画質の違いも大きいので、組み合わせや設定などで変わります。