D-Clock NeutronStarのトラブルで、ご迷惑をおかけして申し訳ございません。

> この掲示板で拝見した上位機種の場合
> 同軸デジタル出力と5.1のフロント出力が良くなる？と、ありました。
> 光出力や2ch専用出力は向上無しですか？

全ての出力で向上致します。
光出力はこちらの環境では同軸デジタル出力のほうが音が良いので確認していません。
光出力も同軸デジタル出力も元の信号は同じですので、同軸デジタル出力が良くなるということは光出力も良くなるということでご理解下さい。
2ch出力はメーカーで音を加工していますので、チューンで基本性能が上がると加工の少ないフロント出力のほうが良くなるということがあります。
DVD-3930もチューン後はフロント出力のほうが好みの音でした。

> ちなみに http://av-nebu.com/prod02.htm
> の同軸デジタルがものすごく気になりました。
> この材料で市販品ではあり得ない価格設定。
> コストパフォーマンス良すぎて原価ぎりぎりでは？

こちらの製品はどれもお薦めです。良くなければ売っていません。
価格設定は利益は少ないですが、直販ということで他のコストがかかっていない分メーカー品と比べると安く感じるのだと思います。

> 自分は Nordost Silver Shadow という定価８万円の同軸より
> Audio Quest Optlink-5 という６万円くらいの光ケーブルのほうが
> 写実的かつ音ヌケが良いので換装してしまいました。

どちらも聞いたことがありませんが、ケーブルは他の機器との相性もあるので難しいです。
こちらのケーブルは、どれも癖が無い音を目標に開発していますので、ケーブルで音を加工する方には向いていません。
癖が強いケーブルは何を聞いても同じような傾向の音になってしまうので、好みの音でもしばらく聞くと飽きてしまいます。

> 光出力より同軸のほうが今回のフルチューンでは推奨でしょうか？

使用環境によると思います。
同軸デジタルは電気信号から光に変換するロスが無いですが、同軸デジタルでもケーブルで音は変わるのでどちらが良いという判断ができません。